Idea filogenezy jest używana w kontekście biologii, aby przypominać o pochodzeniu i ewolucji gatunku . Koncepcja może również odnosić się do gałęzi tej nauki, która koncentruje się na powiązaniach pokrewieństwa, które istnieją między różnymi zestawami żywych istot.

Z teorii ewolucji kierowanej przez angielskiego naukowca Charlesa Darwina konieczne stało się poznanie ewolucyjnej historii każdego gatunku. Filogeneza pojawiła się w celu zbadania związków ewolucyjnych, analizując sposób dystrybucji postaci z różnych taksonów.

Dane te pozwalają na tworzenie drzew filogenetycznych, które szczegółowo opisują ewolucyjne relacje między tymi gatunkami, które mają wspólnego przodka. Drzewa filogenetyczne pozwalają z kolei rozwinąć klasyfikację filogenetyczną, która ustanawia ewolucyjną bliskość między gatunkami.

Aby poznać filogenezę organizmu, należy zbadać jego DNA, jego anatomię i morfologię oraz wiele innych cech. Wyniki tego rodzaju badań pozwalają nam poznać podobieństwa i różnice między gatunkami, a tym samym ustalić ich ewolucyjne relacje.

Klad to grupa złożona z przodka i wszystkich jego potomków. Zwany także grupą monofiletyczną, składa się z wspólnego przodka ( królestwa, gatunku lub populacji) i wszystkich organizmów, które z niego pochodzą. Jeśli ta grupa jest wykluczona z potomka, nazywa się ją grupą parafiletyczną . Tymczasem grupy złożone z gatunków, które pochodzą od więcej niż jednego przodka, są znane jako polifyletyczne .